Instalacje i urządzenia wentylacji mechanicznej w przemyśle spożywczym, mogą przenosić różne bakterie chorobotwórcze. Na odczucie parametrów mikroklimatu w pomieszczeniach produkcyjnych przez ludzi mają wpływ czynniki zależne od człowieka (stan zdrowia, indywidualne odczucie temperatury itp.) oraz czynniki niezależne od człowieka (parametry fizyczne powietrza, świeżość i czystość powietrza itp.). Skażenia mikrobiologiczne urządzeń technologicznych oraz urządzeń i instalacji, m.in. wentylacyjno-klimatyzacyjnych, wpływają na rozwój bakterii chorobotwórczych. Ilość powietrza dostarczana lub usuwania z pomieszczenia zależy od jego użytkowania i obciążenia zapachami oraz materiałami szkodliwymi. W następstwie powstawania punktu rosy w instalacjach wentylacyjnych mogą wystąpić tzw. zarodki kondesacji, zawarte w powietrzu, na których osadza się para wodna przy przesyceniu powietrza. Istotny wpływ na warunki komfortu w pomieszczeniach ma prędkość przepływu powietrza w strefie przebywania ludzi. W pomieszczeniach produkcyjnych tam, gdzie dbałość o najwyższą jakość powietrza stanowi kwestię priorytetową, stosuje się dezynfekcje promieniową jonizacją katalityczną.

Należy dążyć do ograniczenia pierwotnych i wtórnych źródeł skażenia mikrobiologicznego w układach wentylacji (klimatyzacji) przez stosowanie: wysokosprawnych filtrów powietrza, czyszczenie i dezynfekowanie kanałów wentylacyjnych (central) za pomocą specjalnych urządzeń, parą lub środkami dezynfekującymi i grzybobójczymi, promieniowej jonizacji katalitycznej w kanałach nawiewnych.

W pomieszczeniach produkcyjnych przemysłu spożywczego o podwyższonym standardzie nie wolno stosować recyrkulacji powietrza. Należy stosować układy wentylacyjne dostarczające 100% powietrza świeżego.

W pomieszczeniach tzw. suchych należy usuwać pyły osiadające na powierzchniach stałych, które mogą ulec rozkładowi na różne związki. Strumień objętości nawiewanego powietrza do pomieszczenia tzw. „czystego” powinien wynosić co najmniej 25 m3/h oraz powinien być mniejszy o maksymalnie 10% od strumienia powietrza wywiewanego (nadciśnienie). Natomiast w pomieszczeniach tzw. brudnych (np. sanitariaty) należy zachować podciśnienie powietrza.

Pomieszczenia produkcyjne o różnym poziomie wymagań mikrobiologicznych nie mogą być łączone wspólnym układem wentylacji mechanicznej.

W przemyśle spożywczym w pomieszczeniach, w których występuje znaczny stopień zanieczyszczenia: pyłami, gazami, parami oraz zjonizowanym powietrzem i zapachami pochodzącymi z procesów technologicznych wymagany jest udział 100% powietrza zewnętrznego przy zachowaniu właściwej krotności (ilości) wymian powietrza.