W przemyśle farmaceutycznym i biotechnologicznym, codziennie ma się do czynienia z tysiącami różnych pyłów i łatwopalnych oparów. Do zapalenia tych cennych substancji często wystarczy mała elektryczność statyczna, gorąca powierzchnia lub tlące się ognisko zapalne. W niekontrolowany sposób te jednominutowe reakcje chemiczne mogą doprowadzić do silnego wybuchu, który może zniszczyć sprzęt, obudowy a nawet cały budynek. Dlatego bardzo ważna jest przeciwpłomieniowa wentylacja przeciwwybuchowa. Istotne jest określenie w skali laboratoryjnej oraz przemysłowej właściwości wybuchowych dla substancji przetwarzanych przez użytkownika oraz umożliwiających dopasowanie zalecanych strategii ochrony.
Istotne jest, aby produkty farmaceutyczne spełniały najwyższe standardy jakości. Przestrzeganie wytycznych GMP („Good Manufacturing Practice”) stanowi gwarancję, że zarówno wytwarzanie produktów, jak i proces ich testowania jest zgodny z odpowiednimi wymogami. Procesy farmaceutyczne, toksykologiczne, kliniczne biotechnologia mają decydujące znaczenie dla jakości produktów. W specyfikacji procesów zawarte są zastrzeżenia dotyczące jakości aktywnych i nieaktywnych substancji używanych w produkcji, wytyczne dotyczące metod testowania i wiele innych wymogów. Obszerna dokumentacja procesowa umożliwia jednostkom certyfikującym ocenę produktów farmaceutycznych w procedurze licencyjnej.
Technologia pomieszczeń sterylnych ma zastosowanie w przypadku badań i produkcji wyrobów farmaceutycznych. Stosowane filtry powinny spełniać bardzo wysokie wymogi dotyczące czystości i sterylności powietrza. Ważne jest wyeliminowanie możliwości wpływu zanieczyszczeń powietrza na procedury produkcyjne lub skażenie produktów.
Nie bez znaczenia jest także ochrona personelu przed zanieczyszczeniami. Stosuje się różnego rodzaju łatwe do utrzymania w czystości nawiewniki ze zintegrowanym filtrem powietrza do obszarów septycznych i aseptycznych (laboratoria, hale produkcyjne), łatwe do utrzymania w czystości systemy powietrznowodne i nawiewniki do korytarzy czy pomieszczeń. W większych pomieszczeniach spotyka się systemy wentylacji rozproszonej. W zależności od charakteru produkcji występują także nawiewniki z materiałów kwasoodpornych do szybkiej wymiany dużych ilości powietrza np. do laboratoriów.
W szczególnych przypadkach (produkcja leków ze związków o szkodliwym działaniu na organizm człowieka) stosuje się: wentylację globalną i klimatyzację oraz przewoźne odkurzacze z filtrem workowym do miejscowego pochłaniania pyłu. Zarówno powietrze doprowadzane do pomieszczeń, jak i odciągane z nich, jest oczyszczane przez filtry. Z pomieszczenia powietrze jest odciągane poprzez ssawki zasypu i odbioru kapsułek z kapsułkarki oraz odciąg zasypu granulatora przez odpylacz pulsacyjny i filtr HEPA.